在一般的情況下，食品廠潔凈車間都會被劃分成以下這三個主要區域，一般作業區、準清潔區、清潔作業區。一般作業區（非清潔區）：一般的原料、成品、工具儲存區域，包裝成品轉運區域等原料、成品裸露風險較低的區域，如外包裝室、原輔料倉庫、包裝材料倉庫、外包裝車間、成品倉庫等。準清潔區：要求次之，如原料處理、包材處理、包裝、緩沖間（拆包間）、一般生產加工間、非即食食品的內包裝間等成品處理但不直接裸露的區域。清潔作業區： 指衛生環境要求最高，人員、環境要求較高，必須經過消毒和更衣才可以進入。建有潔凈車間的食品工廠在選址、設計、布局、建設和改造時應最大限度避免污染源、交叉污染、混料和差錯的發生。